赫德在担任总税务司期间，的确实行了一些行之有效的好政策，但是，这些政策与海关衙门清廉与否关系不大。要知道，在清朝这个国家机器里，并不包括由赫德所领导的海关衙门。除了"总理各国事务衙门"之外，没有任何机构有权干涉，也就是说，这个部门简直就是独立于各大衙门的"小王国"。
当时的清朝户部乃至各地府库中，都已穷得捉襟见肘，所以，每年的赔款必须从关税中支出，甚至，连通商口岸的常税也得抵押。随着海关权力逐渐扩大，连通商口岸常税都成了海关衙门负责的事务。毫不夸张的说，赫德在旧中国的地位宛如太上皇。靠着这一特殊地位，赫德多次在外交事务中"大显身手"。
身为外国人的赫德，自然不会考虑中国人的利益，所以，他屡次出卖清政府利益也是可以想见的。致使清廷背负了4.5亿白银欠债的《辛丑条约》，就是在赫德等人的干涉下签订的。可以说，赫德包揽了从谈判到实际赔款的一切主导权。
赫德在海关衙门的地位，无疑是至高无上的，没有任何人能够干预他的领导（管理）。按照赫德所制定的章程，衙门中的大小人员均无权反抗他的指挥。在给英方写的信中，赫德甚至直言道："中国海关之所以获得成功，完全是因为我的统治。"
