四月，宋军开始缩小包围圈，一路宋军攻下衢州，俘虏头领郑魔王。十七日又攻陷婺州。王禀率领的宋军前锋夺回青溪县城之后，方腊率领余部退到最初起义的帮源峒。这里地形险要，山高林密，宋军各路在青溪集结之后才对帮源峒进行攻击。
由于帮源峒山僻地险，各部宋军都找不到进山的道路，一时间竟然无可奈何。后来成为南宋中兴名将的韩世忠，此时还只是一员普通小将。他在溪谷搜索的时候遇到一名居住在山中的妇女，得知了进入帮源峒的确切路径。韩世忠率领一支小部队循路直接杀到了方腊居住的洞穴处，在第二天凌晨活捉了方腊本人。方腊的妻邵氏、子方亳以及宰相方肥等三十余名高层，也一同落网。
帮源峒之战后，方腊军的余部依然在东南地区四处活动。宋将郭仲荀、刘光世和姚平仲等人，兵分几路进行清剿。刘光世进攻兰溪县起义军，杀一千六百人。姚平仲进攻台州仙居，打败方五相公、方七佛等部。折可存率军在黄岩击败吕师囊等，方腊起义的余波才算完全平息。
