在司马德文在位期间，刘裕已经提前让自己的心腹大臣，代替司马德文写好了禅让凭证，只待时机合适，让司马德文亲自誊写承认。刘裕如愿以偿之后，刚开始是善待司马德文的，还给了他封地让他称王。
但他也并非绝对放心，由于提前派人监视司马德文的一举一动，司马德文与楚皇后的孩子就被谋杀致死，摆明了想让司马德文断子绝孙，当然在司马德文不堪屈辱死后，刘裕为了保证司马政权不再复辟，将司马家族赶尽杀绝是最稳妥的做法。
司马家族多年来的积累，家族势力范围之广，也是让刘裕最为忌惮的，何况当时刘裕年事已高，有他的威望在，司马家族定然不会造次，倘若他死后，他万万不敢保证，有关于他子孙后代的安危。
刘裕的出身，也决定了他必定不会受到士大夫家族的拥护，关于政权的争夺，并不是厚待一个人就能解决的问题，家族之争才是重中之重，由于在短时间内培养不起家族势力，那么最好的方式就是削弱敌对势力。
