当时江南地区的人民感觉受到了奇耻大辱，江南义士唐珏等人想要偷走这个骷髅碗，但是却被杨琏真伽识破。在《南宋杂事诗》有记载：“故宫思见旧冬青，一塔如山塞涕零。领访鱼影香骨案，更从何处哭哭灵。”随后杨琏真伽将这个骷髅碗献给了元世祖忽必烈，元世祖为了彰显元朝地位优于南宋，于是将这个骷髅碗放在宫中把玩，还将其定为皇室传承之物。
百年之后朱元璋率领起义军攻破了元朝大都，在大都的宫殿中朱元璋找到了这个骷髅碗。因为朱元璋出身淮西地区，之后主要的活动范围也在江南，所以知道这个骷髅碗上的故事。
1369年朱元璋将骷髅碗葬回了宋理宗的陵墓，绍兴永穆陵，此事在《明太祖实录》中确有记载。随着永穆陵的发掘，考古专家也发现了墓中的骷髅碗，考古人员都感叹宋理宗死后的悲凉，同时也称赞朱元璋的行为。
