可是接连灭掉了西夏和金国之后，蒙古人的野心空前膨胀，再加上当时蒙古骑兵的作战能力实在是很强，金国灭亡不过半年南宋就丢掉了整个河南地区，蒙古人也是步步紧逼，孱弱的南宋军队根本无法抵抗。赵昀也为自己的错误决断下了罪己诏，然后便沉溺酒色不理朝政，而蒙古人的势力则越来越大，赵昀去世15年之后南宋就被蒙古人灭国。
到了元朝的统治时期，忽必烈派遣藏传佛教僧人杨琏真伽作江南释教都总统，掌管江南地区的佛教传教工作。1278年杨琏真伽盗挖南宋皇陵，取走了大量的财宝，还在陵墓中发现了浸泡在水银中尸体还没有腐烂的宋理宗遗体。杨琏真伽便将这具尸体暴晒三天，然后按照藏传佛教的习俗将宋理宗的头骨制成了骷髅碗，
