侯君集率军至柳谷，侦察兵报告说鞠文泰这几天就要下葬，共时高昌国人毕集。诸将要求趁发丧时起兵突袭。侯君集独表异议："不可，天子以高昌骄慢无礼，使吾恭行天罚，今袭人于墟墓之间，非问罪之师！"于是全军整装，鼓行而进，类似拿破仑战场上那种双方光明正大的进击。这场战争侯君集是有备而来，故唐军轻松取胜，第一战，高昌大兵汇集于田地城，田地城城坚墙厚，高昌人起初还固城自守。侯君集围城而战，《旧唐书》记载：贼婴城自守，君集谕之，不行。"，既然敌人不愿投降，那只有通过战争来解决了，而侯君集军队携带了能制作威力巨大的撞城车和抛石机的工匠，《旧唐书》记载："先是，大军之发也，上召山东善为攻城器械者，悉遣从军。君集遂刊木填隍，推撞车撞其睥睨，数丈颓穴，抛车石击其城中，其所当者无不糜碎，或张毡被，用障抛石，城上守陴者不复得立。遂拔之，虏其男女七千余口，仍进兵围其都城。"于是，巨石飞空，尖车推城，唐军很快就一攻而入，俘获田地城男女七千多口。初战告捷之后，接着，大军前行，直逼都城高昌。鞠智盛无奈，来信乞怜，表示"有罪于天子者，先王也。天罚所加，身已丧背。智盛袭位未几，不知所以愆阙，冀尚书哀怜。" 侯君集回书："若能悔祸，宜束手军门！"鞠智盛还不肯出降，侯君集命人填其城壕，又大发抛石机，并树十丈高楼，于楼顶指挥抛石机落点，巨石纷下，高昌守兵顿成肉泥。早先答应和高昌里外为援的西突阙兵此时还影都没有，向已西逃千余里，哪还顾得上邻家。计穷之下，鞠智盛出城门出降。侯君集马上分派兵马，一时攻灭其余城池，平灭高昌，带着俘虏的高昌国王及将士、刻石勒功而还。这段历史见于《旧唐书》"智盛犹不出，因命士卒填其隍堑，发抛车以攻之。又为十丈高楼，俯视城内，有行人及飞石所中处，皆唱言之，人多入室避石。初，文泰与西突厥欲谷设约，有兵至，共为表里。及闻君集至，欲谷设惧而西走千余里，智盛失援，计无所出，遂开门出降。君集分兵略地，遂平其国，俘智盛及其将吏，刻石纪功而还。"此次远征，下高昌三郡、五县、二十二城，得人口三万七千七百，马四千三百，其国东西八百里，南北五百里。非常值得人玩味的是，《唐会要》卷九十五记载："初。其国童谣曰：高昌兵马如霜雪，汉家兵马如日月。日月照霜雪，回首自消灭。文泰使人捕其首唱者，不能得。"不知道是真是假，也不知是何人所为，至今仍无法考证。唐太宗以高昌故地为西州，置安西都护府，留遣兵马镇守。"贞观十四年九月二十二日。侯君集平高昌国。于西州置安西都护府。治交河城。"④
虽立此平国大功，侯君集仍不免前辈平灭西域将领犯下的过错--私取宝物。" "又君集之破高昌，得金簟二甚精，御府所无，亦隐而不献，至时并得焉"⑤(隋唐佳话.卷上)。他属下战胜的将士得悉总管大拿高昌宝物，也纷纷效仿，竟来盗窃。侯君集上梁不正，也不敢阻挡，怕他们把自己也连带告出来，以致于高昌一国宝物被掠一空。大军回京，御史们早把弹劾奏章报上，功劳再大，赏罚应分，《旧唐书》载："将士知之，亦竞来盗窃，君集恐发其事，不敢制。及京师，有司请推其罪，诏下狱"。于是迎接侯君集的不是红地毯和凯旋乐曲，而是国家大狱。还是中书侍郎岑文本有远见，认为功臣大将不能轻加屈辱，希望太宗以帝王之德，含弘为美，弃人之短，收人之长，使侯君集能悔过报效。《旧唐书》载: 中书侍郎岑文本以为，功臣大将不可轻加屈辱，上疏曰：君集等或位居辅佐，或职惟爪牙，并蒙拔擢，受将帅之任，不能正身奉法，以报陛下之恩。举措肆情，罪负盈积，实宜绳之刑典，以肃朝伦。但高昌昏迷，人神共弃，在 朝议者，以其地在遐荒，咸欲置之度外。唯陛下运独见之明，授决胜之略，君集等奉行 圣算，遂得指期平殄。若论事实，并是陛下之功，君集等有道路之劳，未足称其勋力。 而陛下天德弗宰，乃推功于将帅。露布初至，便降大恩，从征之人，皆沾涤荡。及其凯 旋，特蒙曲宴，又对万国，加之重赏。内外文武，咸欣陛下赏不逾时。而不经旬日，并 付大理，虽乃君集等自挂网罗，而在朝之人未知所犯，恐海内又疑陛下唯录其过，似遗其功。臣以下才，谬参近职，既有所见，不敢默然。臣闻古之人君，出师命将，克敌则 获重赏，不克则受严刑。是以赏其有功也，虽贪残淫纵，必蒙青紫之宠；当其有罪也，虽勤躬洁己，不免鈇钺之诛。故《周书》曰："记人之功，忘人之过，宜为君者也。"昔汉贰师将军李广利损五万之师，糜亿万之费，经四年之劳，唯获骏马三十匹。虽斩宛王之首，而贪不爱卒，罪恶甚多。武帝为万里征伐，不录其过，遂封广利海西侯，食邑八千户。又校尉陈汤矫诏兴师，虽斩郅支单于，而汤素贪盗，所收康居财物，事多不法，为司隶所系。汤乃上疏曰："与吏士共诛郅支，幸得擒灭。今司隶乃收系案验，是为郅支报仇也。"元帝赦其罪，封汤关内侯，赐黄金百斤。又晋龙骧将军王浚有平吴之功,而王浑等论浚违诏，不受节度，军人得孙皓宝物，并烧皓宫及船。浚上表曰："今年平吴，诚为大庆，于臣之身，更为咎累。"武帝赦而不推，拜辅国大将军，封襄阳侯，赐绢万匹。近隋新义郡公韩擒虎平陈之日，纵士卒暴乱叔宝宫内，文帝亦不问罪，虽不进爵，拜擒虎上柱国，赐物八千段。由斯观之，将帅之臣，廉慎者寡，贪求者众，是以黄石公《军势》曰："使智，使勇，使贪，使愚。故智者乐立其功，勇者好行其志，贪者邀趋其利，愚者不计其死。"是知前圣莫不收人之长，弃人之短，良为此也。臣又闻，夫天地之道，以覆载为先；帝王之德，以含弘为美。夫以区区汉武及历代诸帝，犹能宥广利等，况陛下天纵神武，振宏图以定六合，岂独正兹刑网，不行古人之事哉！伏惟圣怀，当自已有斟酌。臣今所以陈闻，非敢私君集等，庶以萤爝末光，增晖日月。倘陛下降雨露之泽，收雷电之威，录其微劳，忘其大过，使君集重升朝列，复预驱驰，虽非清贞之臣，犹是贪愚之将。斯则陛下圣德，虽屈法而德弥显；君集等愆过，虽蒙宥而过更彰。足使立功之士，因兹而皆劝；负罪之将，由斯而改节矣。"太宗很觉有理，下诏把侯君集放出。
侯君集立此殊勋，回京就被关进大狱，虽然日后放出，仍然终日怏怏不快。贞观十七年，多年一起共事的老哥们张亮出任洛州地方官，与侯君集道别，侯君集乘机激怒他说："怎么，被排挤出京城了？"张亮不乐，答道："当然是你背后排挤我，还能怨别人吗？" 侯君集闻言激起心中积恨："我功平一国，回来就被天子谴怒，哪还有机会背后挤兑你！这种日子我过不下去了，你敢造反吗？我和你一起反了吧！"这段话见于《旧唐书》卷19："十七年，张亮以太子詹事出为洛州都督，君集激怒亮曰："何为见排？"亮曰："是公见排，更欲谁冤！"君集曰："我平一国，还触天子大嗔，何能抑排！"因攘袂曰："郁郁不可活，公能反乎？当与公反耳。""张亮为人外忠内诈，一转身就把侯君集的话密告太宗。李世民毕竟大度君王，对张亮说："卿与君集俱是功臣，君集独以语卿，无人闻见，若以属吏，君集必言无此。两人相证，事未可知⑥。"叫张亮不要声张，把此事压下，对待侯君集如初，不久命人图君集等二十四人像于凌烟阁。
这二十四人乃唐朝开国元勋，地位显赫，《资治通鉴》载"戊申，上命图画功臣赵公长孙无忌、赵郡元王孝恭、莱成公杜如晦、郑文贞公魏征、梁公房玄龄、申公高士廉、鄂公尉迟敬德、卫公李靖、宋公萧瑀、褒忠壮公段志玄、夔公刘弘基、蒋忠公屈突通、郧节公殷开山、谯襄公柴绍、邳襄公长孙顺德、郧公张亮、陈公侯君集、郯襄公张公谨、卢公程知节、永兴文懿公虞世南、渝襄公刘政会、莒公唐俭、英公李世绩、胡壮公秦叔宝等于凌烟阁。
当时，太子李承干怕被李世民废掉，暗中准备谋反，又知道侯君集心怀怨望，就通过侯君集的女婿贺兰楚石（当时为东宫属官）与他牵线，两人数次密谋 。侯君集深知李承干气量劣弱不能成大事，但仍想借机旁图，就答应与李承干一起干，举手对太子说："此好手，当为殿下用之！"
