他的成就，主要表现在他在军事的卓越战绩，他在与敌人的战斗中所表现出来的智慧才能是他得宠的主要原因，尤其是在唐对吐谷浑和高昌的发动的两次战役中，侯君集功不可没，使唐太宗龙颜大悦，全力提拔。
李靖伐吐谷浑，侯君集颇有建树，《新唐书》载"李靖讨吐谷浑，以君集为积石道行军总管。师次鄯州，议所向。君集曰："王师已至，而贼不走险，天赞我也。若以精兵掩不备，彼不我虞，必有大利。若遁岨 山谷，克之实难。"靖然其计，简锐士，约赍深入，追其众于库山，大战，破之，进会大非川，平其国。"旧唐书也有记载，其内容大同小异："九年三月，师次鄯州，君集言于靖曰："大军已至，贼虏尚未走险，宜简精锐，长驱疾进，彼不我虞，必有大利。 若此策不行，潜遁必远，山障为阻，讨之实难。"靖然其计，乃简精锐，轻赍深入。道宗追及伏允之众于库山，破之。伏允轻兵入碛，以避官军。靖乃中分士马为两道并入， 靖与薛万均、李大亮趣北路，使侯君集、道宗趣南路。历破逻真谷，逾汉哭山，经途二千余里，行空虚之地。盛夏降霜，山多积雪，转战过星宿川，至于柏海，频与虏遇，皆大克获。北望积玉山，观河源之所出焉。乃旋师，与李靖会于大非川，平吐谷浑而还。"
在这次平定吐谷浑的战役中，由李靖挂帅，侯君集与任城王李道宗为副手。一路上侯君集进献不少奇计，都为李靖采纳，大破敌军于库山，又与李道宗自为一军，从南路挺进，历破逻真谷，逾汉哭山（估计是当地人起的名字，从前汉军肯定于此战死不少），经途二千余里，盛夏降霜，山多积雪，转战过星宿川，一路上数次与敌大战，每战必胜，获牛马无算，斩获颇丰。一直行军，直到北望积玉山，观黄河源头，然后凯旋，与李靖一军会于大非川，平定吐谷浑。由于侯君集在这次战役中的卓越军事才能，在贞观十一年，改封陈国公。同时受封的还有长孙无忌的人，侯君集行伍出身，入秦王府后才开始读书，聪颖异常，竟能典选举，定考课，出将为将，入则参政，为时人所叹美。书载："十一年，与长孙无忌等俱受世封，授君集陈州刺史，改封陈国公。明年，拜吏部尚书，进位光禄大夫。君集出自行伍，素无学术，及被任遇，方始读书。典选举，定考课，出为将领，入参朝政，并有时誉。"
又此可见，侯君集的机谋不仅表现在军事方面，在其它方面也能够游刃有余，怪不得唐太宗那么宠爱他，换谁能不这样啊？
侯君集一生最光辉的事迹，当属他独担重任，率唐军平灭高昌的壮举。通过这次战争，侯君集的事业发展到顶峰，但由于他在处理善后事务时犯了不该犯的错误，也导致他事业上开始走下坡路
