源赖朝也知道法皇反复无常，所以要赶在共同敌人平氏彻底灭亡前，稳定自己的地位。为此他命令义经不要继续进攻平氏。通过威逼利诱，他不仅仅得到了征夷大将军这个空衔，还牢固地控制了关东的所有武士、土地、税收，进而开府，建立了自己的政权基础。
源义经呢，此时目标只有一个，彻底剿灭平氏，洗刷父亲被杀之耻，丝毫没意识到法皇的阴谋向他靠拢了。义经不理解为何兄长不让自己剿灭仇敌，按捺不住的义经采取了最愚蠢的方法，向法皇请旨。经过屋岛之战、坛浦海战平氏被彻底剿灭了。
头戴盔甲的义经
此时天下流传这么一句话"九郎判官这样的人才实在难得，镰仓的从二位（指源赖朝）又有什么作为呢，天下的事让判官策划才好。"这流言传入源赖朝的耳朵，同样是源氏血亲，赖朝本来就忌惮义经功高震主。和源义经有仇的梶原景时又添油加醋，诬陷义经要谋反。赖朝更加害怕。赖朝以未经武家领袖的命令，擅自接受法皇官职为名，派人刺杀义经，"骨肉同胞之情，既似空。"（《吾妻镜·文治元年五月二十四日》）兄弟完全反目。义经又守护着武士名誉，认为大丈夫该洁身自好，即使身死家灭也不应让名誉受损，所以义经没有占据京都造反，反而逃向奥州，投奔老朋友藤原秀衡。藤原秀衡坚决拒绝了源赖朝要交出源义经的命令。可是藤原秀衡死后，藤原秀衡的儿子不敢与幕府为敌，派重兵包围义经，义经见大势已去，杀死自己的妻儿，自己也切腹自杀。
义经爱妾静御前
