建文元年（公元1399年）七月初七，朱棣聚集将士，慷慨陈词地说：“我受封以来，惟知循法守分，今幼主嗣位，信任奸臣，横起大祸，屠戮我家，遵祖训，“朝天正臣，内有奸恶，必训兵讨之，以清君侧之恶”。称自己的举动为“奉天靖难”，历史上称之为“靖难之役”。
明朝高岱《鸿猷录》里记载了祭旗时的一个场景。说朱棣念完了誓师词以后，突然阴云四合，烟雾弥漫，乌云翻滚，雷电交加。几分钟后乌云慢慢散开，到处都是黑颜色的旗子，上面画着龟蛇。
这个故事在李贽的《续藏书》、《明书》上都有记载。《明实录》上也有类似的记载：“当时阴云四合，人咫尺不相见。少焉，天空顿开尺许，有光烛地”。朱棣在北京的真武庙碑，武当山玉虚宫、净乐宫、紫霄宫、南岩宫所有的碑当中都说，“肆朕起义兵，靖内难，风行霆击，其迹甚著”。当我起兵打仗的时候，真武神就保护我，帮助我，他说的保佑我。这件事情在士兵心目当中留下了很深的印象，所以士兵们后来打仗的过程中，都认为有武当山玄天上帝真武神保佑。
真武神显灵的故事并没有因为靖难誓师完了就结束，在整个靖难过程当中，每当有一次重要的胜利，都可以解释成为真武神保佑的结果。比如说白沟河之战，冬天，白沟河上面结满了硬冰，朱棣的军队刚从冰上面跑过去，建文帝的追兵就来了，可是冰面开始解冻，结果追兵全部掉到水里面。
夹河之战时双方军队对阵，打了将近大半天，不分胜负，这时西北边突然乌云翻滚，飞沙走石，卷起来的沙尘暴扑到建文帝的军队，朱棣的军队趁机冲锋。这又是神保佑的结果。明朝文人王世贞在《武当歌》中写道：“人间大小七十战，一胜业已归神功。”
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显灵真相
这些故事实际上是朱棣反复要向臣民宣传的一个道理，他取得“靖难之役”的胜利，是有道教玄天上帝真武神的保佑。从而既夸耀了神的威力，给靖难继位涂上了“君权神授”的色彩。
朱棣取得天下以后，遇到很多反对的声音。在这种情况下，朱棣清剿了齐泰、黄子澄等好几千人。对当时的文坛领袖方孝孺灭了九族之后，还把他的学生也杀了。朱棣也知道单凭杀人政权是不能巩固的，必须要让老百姓相信，他取得皇位是君权神授的结果。于是不停的宣扬武当山的真武大帝、玄天上帝保佑他这样的神话。而老百姓们又非常愿意听这些故事。到了永乐十年，朱棣正式开始修武当山。
朱棣把玄武神树成“明朝家神”，把玄武宫观变成了皇室的“家庙”，这也是武当山由道教宫观成为皇室家庙的原因。实际上他的目的就是为了使他的皇位合法化，一是让文人们没话可说，二是可以对付他的那些弟弟，别像他那样觊觎皇位。三是要让全国的老百姓都信服他这种神话。我们从他修建武当山以后，全国人的反应来看，他的这样一个政治谋略是成功的。
三、《瑞应图录》与大建武当
