作为明军统率的袁崇焕突然下狱，明军立即陷入了混乱，已经准备撤军的皇太极重新看到机会，再度杀回京师，并在永定门全歼明朝四镇4万精锐，满桂等阵亡。眼看京师再度危机，崇祯连忙下诏各路兵马驰援，结果入援的结果入援的陕晋边军因无饷哗变，并加入流寇，直接导致农民军在崇祯三年迅速壮大。直到皇太极认为南下的目的已经达到，后金这才撤军。
从绝对信任到极度失望，袁崇焕已经是必死之局
都知道临阵换帅乃是兵家大忌，那么为何崇祯在后金尚未撤军的情况下，仍然不顾一切的将袁崇焕下狱呢？《崇祯遗录》作者、此次事件亲历者、明末锦衣卫王世德，给出的答案，我认为更为合理一些，崇祯对袁崇焕之所以失望并将其下狱处死，其实是多种因素共同作用的结果。
1、东江镇的污蔑。明末御史毛九华在《东江遗事》中说，“东江逃将潜往京师，伪造讹言者，立拿正法，将龚正祥严行督师递解回籍”。也就是说，就在“己巳之变”前后，有包括龚正祥在内的毛文龙旧部潜入京师，制造舆情刻意中伤袁崇焕。而根据《燃藜室记述》的记载，皇太极在创造了“谋款斩帅”这条罪状之后，在意图通过朝鲜之口传递失败之后，这才通过东江镇旧部将消息散播开来。
2、朝廷内部党争。袁崇焕上任前，曾和内阁首辅钱龙锡讨论过毛文龙的去留问题，因此当时钱龙锡的政敌，便以袁崇焕斩杀毛文龙之时大做文章。这些人的目的其实很简单，便是坐实钱龙锡指使袁崇焕斩杀毛文龙之事，继而再造成袁崇焕与后金密谋诛杀毛文龙的事实，从而以“奸党误国”为由将钱龙锡扳倒，于是他们一方面制造声势，夸大毛文龙的抗金作用；另一方面则渲染“谋款斩帅”的罪状。
