尤其是在斩杀毛文龙这件事上，更能体现出崇祯对袁崇焕的信任。虽说由于粮饷问题，毛文龙牵制后金的作用已经很小，且的确有虚报兵力、走私禁物的罪状，但毛文龙毕竟是身怀尚方宝剑的高级将领，袁崇焕即使有专断之权，也根本没有权力擅自将其处死，这种擅杀大臣的行为，简直已经形同造反。
然而，袁崇焕杀死毛文龙之后，只是给崇祯上了一道奏疏，而崇祯不仅没有怪罪其擅杀重臣，反而对其这种做法予以了肯定，且表示“一切处置事宜，遵照勒谕行，仍听相机行”（《明清史料》）。然而，正是由于这种无以复加的信任，却给袁崇焕埋下了杀身之祸。
“己巳之变”爆发，袁崇焕突然被下狱
崇祯二年（1629年）十月，就在毛文龙被杀仅仅四个月后，皇太极取道蒙古，以蒙古喀喇沁部骑兵为向导，亲率八旗大军绕道蒙古，突袭明长城蓟镇防区的脆弱隘口龙井关和大安口，杀入关内直逼京师，“己巳之变”爆发。
同年十一月，袁崇焕得知清军入关的消息后，立即率领祖大寿、何可刚入关守卫，分兵留守经过的蓟州、抚宁、永平、迁安、丰润、玉田各城。此时的朱由检对于袁崇焕仍然比较信任，不仅下令嘉奖袁崇焕部下，且让袁崇焕统领各地援军。
十二月初一，后金在进攻京师受挫后，在补给消耗殆尽的情况下退向良乡。然而，就在袁崇焕准备展开追击之时，崇祯突然平台召对，并在帝师文震孟等大臣的反对之下，坚决将袁崇焕下了大狱。
