而为了把三架翼展接近13米的庞然大物塞进伊-400号直径只有3.7米的机库，设计师不得不将将浮筒、机翼、机尾都设计为可折叠式。舰载机的回收系统则因为海浪的干扰而是聊胜于无，而晴岚的飞行员们也都做好了有去无回的思想准备。
1944年9月5日下水时的伊-402号潜艇
伊-400号服役之后没有参加任何作战任务，而是被旧日本帝国看作最后一张王牌藏着掖着。时间转眼间来到了1945年6月，在美国强大的海空力量的打击下日本海军已经日薄西山，时任联合舰队代理司令的小泽治三中将选择将这张底牌打出去。于是1945年7月4日，由伊-400号，伊-401号潜艇，伊-13号，伊-14号四艘潜艇组成的"神龙特攻队"离港，去参加对美国航母舰队的攻击任务。经过了一个月的艰苦航行，特攻队的指挥官有泉龙之介大佐却接到通知：日本已经投降了。
伊-400的投降标志着日本海军的"潜水航母"之路的终结
在短暂而激烈的争论后，有泉龙之介最终决定向美军投降。在投降之前他们将所有的资料烧毁，搭载的晴岚也被扔进了大海。随着伊400号在8月28日向美军投降，"潜水航母"这一让人啼笑皆非的怪物走向了终结。尽管伊400型作为潜艇拥有着极为优秀的设计思路，但是却因为日本海军狭窄的眼光和战术思想成为了笑柄。而时至今日，由伊-400型所带来的"潜水航母"这一概念依然值得深思。
