1936年，林森、蒋介石等人巡礼南华，并且捐俸助修了殿堂。
而彼时，正值日军侵华，国难当头之时，全国更是处于抗战救亡紧急的关头。因而虚云禅师提议，由全寺大众每日礼忏二小时，以此来为我国前线官兵祈福消灾。
并且全寺上下减省晚食、节积余粮，以来献助国家赈济灾民。
1941年时，曲江县因为严重缺粮而饥民甚众，虚云禅师便将诸方善信供养的20多万元，全部交给了粤省政府，以用于赈济灾民。
1943年的冬天，南华寺的修建才结束。因为粤北乳源县云门山的大觉寺乃是云门宗之源地，于是虚云禅师辞别曹溪，开法云门。并且还撰写《重兴曹溪南华寺记》:“十载经营，综理次第，心力交瘁，始具规模。”
南华寺新建殿堂房舍总计二百四十三楹，新塑的大小佛像共六百九十尊。其重楼宝阁，庄严至极。
