献帝建安元年（公元196年），曹操将献帝从洛阳迁至许都，控制了汉末朝廷，开始"挟天子以令诸侯"。此时的丁斐又被曹操委任为典军校尉。这个职务是汉末中央禁军的将领，是西园八校尉之一，早年的曹操就担任过这个职位，由此可见曹操对丁斐的重视程度。
献帝建安十六年（公元211年），曹操亲征关中，丁斐以典军校尉之职随军出征。同年闰八月，曹军主力开始北渡黄河。大军主力陆续渡河，曹操率领着部将许褚、张郃等人及部分虎贲卫士在黄河南岸断后，自己则端坐在胡床上。
此时，马超突然亲率步骑一万余人对曹军发动突袭。许褚一看形势不对，立即架起曹操登上小船离岸而去，马超穷追不舍，乱箭齐发。许褚只得右手撑船，逆水而行。幸好丁斐发现情况危急，将南岸曹军马匹全部放出分散了叛军的注意力，叛军士兵纷纷争夺马匹，曹操才侥幸脱险。事后曹操感慨地说道："如果没有丁斐，我今天恐怕是跑不掉了！"
