尤其叫大臣们深感无语的是，以前嘉靖帝碰这类事，直接责任人说杀就杀，而且是一抓一群官。这次的隆庆帝，却连这胆气也没有，如此耻辱的石州惨案，相关责任人，却是先只来了个罚俸处理，其他罪名再议。难道是轻轻放过的节奏？
就在大家都以为，这又是一场雷声大雨点小的闹剧时，两个月后，也就是是年年底，突然又是一声炸雷：石州惨案的所有责任人，上至总督巡抚，下至基层军官，只要沾上的，前后所有丑事，竟然不动声色间，全被查个清楚。然后一本正经走司法程序，别管多大官，该什么罪就受什么罚。特别是几个带头看热闹总兵，宣告罪状后全数处以死刑。
这次处理特殊在哪？以前都是暴风雨般整顿，快速杀过抹掉，这次用两个月时间，里外一顿清查，不断加重力度，轻松带出一片。处置过程更严格走司法，所有罪依法判，不来特事特办那套，而且如此耻辱事件，犯错的罚了，几位表现英勇的军官，也依照法律表彰嘉奖。效果也立竿见影，以《明史记事本末》说：将士始知畏法焉！
如此苦心，用意也正在这里：让三军将士害怕整顿，风声过去自然就松，只有先树立法律威权，让他们明白有法必依。整顿军备，才真有可能靠谱！
