在主办京师大学堂时，孙家鼐提出一个主张，"中学为主，西学为辅；中学为体，西学为用"，并为京师大学堂开设了10 门主科、10 门附科。
在慈禧太后的阻扰下，光绪皇帝发起的维新变法历时100天而夭折，谭嗣同等6人还被清廷处死，为这场维新变法运动划上一个触目惊心的句号。慈禧太后还要废除光绪皇帝，重立储君。孙家鼐苦谏不可，没有被慈禧太后采纳。孙家鼐便借口生病，辞职回家，以示抗议。
于是，1899年12月，孙家鼐回到了他阔别几十年的寿州老家。
算一下，孙家鼐16岁就离开家乡，考中状元后一直在朝廷任官，只有中途因父亲去世回来过一次。虽然家乡父老都以孙家鼐为荣，但大多数人都没有见过他，得知他回来的消息后，不约而同前去迎接他。特别是知州魏绍殷、总兵郭宝昌，为孙家鼐准备了最隆重的迎接仪式。
