五年后，慈禧太后六旬万寿加恩得晋嫔为妃。同年，因忤逆太后以及被认定习尚浮华不尊家法，与瑾妃一起降为贵人。光绪帝还因此在慈禧面前跪了一个多时辰，可慈禧却铁青着脸，丝毫不搭理他。最后珍妃还遭到了"褫衣廷杖"，即扒去衣服重打。此事被牵连的人很多，除了珍妃的姐姐瑾妃，还有侍奉珍妃的太监们，有的被处死，有的被发放，就连她身边的小宫女，也被驱逐出宫。
第二年，她又恢复了妃号。
1898年，戊戌变法失败，光绪帝被幽禁，作为为光绪帝发展了不少维新人才（如文廷式，志锐）的珍妃受到牵连，再次被施以褫衣廷杖，并幽闭于钟粹宫后的北三所。
之后八国联军进攻北京，慈禧太后挟持光绪皇帝出逃。临走前，命太监将幽禁于北三所寿药房中的珍妃唤出，使其推入位于慈宁宫后贞顺门的井中溺亡，当时，珍妃年仅24岁。
