明朝虽然陆陆续续有改土归流，但是实行的并不彻底，大规模的改土归流是在清朝时期，清朝总结历代治边疆经验"改流之法，计擒为上策，兵剿为下策，令其投献为上策，敕令投献为下策。"当然这也是因为清朝国力强盛，有能力去做这件事情。
当然，明清的朝廷也没有硬来，也是有技巧的推动，一般是两条基本策略，一是从上而下，先改土府，后改土州。二是抓住一切有利时机进行，如有的土官绝嗣，后继无人，或宗族争袭，就派流官接任；土官之间互相仇杀，被平定后，即派流官接任；有的土官犯罪，或反王朝被镇压后，以罪革职，改由流官充任。这些土司慢慢的也就被分化瓦解了。
到了清朝康熙、雍正年间，三藩被平定，台湾被收回，东北和西北的动乱也慢慢被平定，这个时候的中央朝廷有足够的实力去对周边的疆域进行统治，加上土司制度的种种弊端，雍正下定决心进行改土归流，到雍正九年基本完成改土归流。改土归流废除了土司制度，减少了叛乱因素，加强了政府对边疆的统治，有利于少数民族地区社会经济的发展。
改土归流的效果也是非常明显的，实行"改土归流"之前，云南土司有47家。实行"改土归流"之后，不但以汉族为主导的中央集权的中国统治得到了加强，各少数民族的文化和政治地位被毁灭性地打击，汉化也进一步加快。少数地区虽然还残存土司制度，其作用和影响也已大大削弱。中华人民共和国成立后，彻底废除了少数民族地区的土司制度。
