土司制度在当时有一定的先进性，可以减少少数民族贵族还有人民的抗拒性，但土司制度也存在着很大的弊端，由于土司官是世袭的，各地官员不能剥夺，于是有些土司官就是滥杀百姓，祸害边境，并用他们特殊的地位侵犯汉人的利益，而当地官员也知道土司得罪不起，于是汉人受其骚扰非常的严重。
最重要的是土司制度有自己的人事权，甚至也有兵权，于是就会出现不服中央的管理，或者跟周边的土司发生战斗，争夺地盘，经常愈演愈烈，危害到正常的统治秩序。
于是明清时候的皇帝就采取取消土司世袭，改派流官，直接划归中央的政策，被称之为改土归流。
改土归流始于明朝永乐皇帝时期。明永乐十一年，思南宣慰使田宗鼎与思州宣慰使田琛因争地叛乱，互相厮杀，乱事平定后，于当地设置贵州布政使司，揭开改土归流的序幕，这一事件也被称之为贵州建制。
