蒙哥死后，留下了巨大的权力真空。为了和阿里不哥争夺汗位，已进攻至鄂州的忽必烈选择撤军，同时，从云南经广西北上的兀良合台一军，也在忽必烈派来的一支部队的接应下，渡过长江北返。自此，蒙古这场灭宋战争的全面瓦解，使南宋得以延续20年。
阿里不哥与忽必烈长达四年的内战导致了蒙古帝国权力的分崩离析，因为这不只是两个大汗的争斗，其他黄金家族的成员和蒙古帝国的勋贵也必须在这场争斗中站队。当时，金帐汗国（术赤系）与察合台汗国（察合台系）都支持阿里不哥，伊尔汗国支持忽必烈。
其后，尽管阿里不哥被击败，但除了伊尔汗国，其他汗国都不承认忽必烈的共主地位。接着，窝阔台系的海都之乱又起，蒙古帝国分崩离析。
蒙哥的死还打乱了在万里之外正在进行的蒙古第三次西征的计划，其统帅、也是蒙哥弟弟的旭烈兀不得不从遥远的西亚战场向东回撤，来帮助忽必烈谋取大汗之位。
