这么一个有才华的文人自然对曹操这种人没有好的态度，当时曹操平定北方最大的诸侯袁绍，后来他的儿子曹丕还将袁熙的妻子甄宓纳为自己的小妾，孔融知道后，然后就写了一封信给曹操，上面写道：武王伐纣，把妲己赏赐给周公，曹操本人也很有才华，但不知道这句话是什么意思，孔融回答，以今度之，想当然耳，其实这句话是借古讽今，用商纣王来讽刺他的儿子巧夺美色。
曹操对于他一忍再忍，毕竟作为三国时期的谋士，如果将他杀了，会导致满朝文武大臣非议，再加上他是孔子的后人，历代帝王都不敢对孔子的后人多有不敬，曹操脾气非常好，可是面对经常触犯自己的人也忍无可忍，有一次他上奏朝廷说:千里之内，不得封建诸侯，曹操听说他的言论越来越偏激，但表面上容忍实际上却非常妒忌，后来魏国有一个人叫做郗虑，他善于揣摩别人的心思，然后就诬陷孔融说他图谋不轨。
曹操正愁没有借口杀了孔融，于是就将他抓捕归案，当时他有一个7岁的女儿，还有一个9岁的儿子，孔融被捕的时候，他们正在寄人篱下，而他的小女儿听说自己的父亲被捕，然后就说覆巢之下，焉有完卵，等到曹操的人过来抓他们的时候，他说，如果死者有之得见父母，就是我们最大的愿望，于是慷慨赴死，当时所有的人没有不悲伤的，毕竟他的女儿才只有7岁啊。
