此外，为了保护位于洪泽湖畔的明朝列祖列宗的祖陵，治理淮患的策略是优先考虑祖陵，其次考虑漕运，最后考虑民生。这样治理水患的策略，又改变了附近的河道，水流极为混乱。
明初成为，这些问题还没有暴露出来，到了明朝中晚期，大自然开始报复，旱涝灾害越来越多。仅在1589-1621这三十多年里，凤阳地区就发生六次较大的水旱灾害，普通灾害则是"凤阳十年九荒，非旱则雨"。
到了明末，灾害更为严重，凤阳成了著名的灾区，"十余年来无岁不灾，无灾不重"，仿佛时光倒转，又回到了元末。
朱元璋迁来大量移民，却无法保证这些人始终定居，随着灾荒加剧，移民的后代开始不断逃亡，凤阳人口又开始流出，动辄以万计算。以凤阳一县来说，万历六年，凤阳仅存13894人。
