朱慈炤被清朝廷发现的时候，已经有75岁高龄了，他在清朝的统治下苟延残喘，选择了当一个老老实实的顺民，还改了名字叫王士元，凭借从小在帝王之家的学识，他做了一个教书先生，娶了一妻一妾，生了六个儿子，和三个女儿，隐姓埋名60多年，本来他可以安享晚年，保住崇祯的最后一点血脉，可惜的是他还是念念不忘大明王朝，他后来改的名字王士元，倒过来念便是元士王（元世亡），他给自己的孩子取名也是严格按照朱元璋定下的祖制，最后一个字带有土字，土字旁的怪癖字，这个举动很快引起了当地官员的注意，终于在他75岁的时候被抓获，进京审判，此时的他只想活命保住妻儿。
可是清朝的统治者，怎能允许有大明正统的皇室血脉存在呢，所以康熙皇帝宣布，朱慈炤虽然没有反清之举动，但是未必没有反清之心，于是75岁的朱慈炤在眼看着自己的儿子被处死之后，也被凌迟处死，女眷孙字辈也被全部杀害，至此，大明崇祯皇帝的血脉全部断绝。
朱慈炤已死，那么按照道理说，朱三太子案似乎应该尘埃落定了，但是康熙60年，公元1721年，台湾朱一贵起义，仍然尊奉朱三太子的名号，与之类似的还有很多，反反复复，整个清朝统治初期大大小小的有关朱三太子的案件有十多起，不断有人利用朱三太子的旗号起兵反清，朱三太子也成为了清朝皇帝的梦魇挥之不去。
由此可见，在清朝初期，很长的一段时间朱三太子仍然具有很强的影响力，虽然明王朝的统治已经覆灭，但是许多汉人仍然憎恶满清政权，留恋明朝的统治，因此反清复明运动也是屡见不止，朱三太子案就是反清复明运动的缩影，其实朱三太子到底是谁并不重要，重要的是朱三太子这个名号就是反清复明的大旗，同时朱三太也成为了一枚政治上的棋子罢了。
