等到毛文龙来拜访时，袁崇焕按宾客之礼迎接他，毛文龙又不谦让，袁崇焕除掉毛文龙的主意更加坚决了。
崇祯二年，袁崇焕以阅兵为由去见东江统帅毛文龙，邀请毛文龙观看将士射箭。袁崇焕事先已经在帐外埋伏了刀斧手，等毛文龙到了之后，袁崇焕一声令下，士兵一拥而上，三两下就把毛文龙给绑了。
接着，袁崇焕列数了毛文龙十二条罪状，拿出尚方宝剑，将毛文龙斩杀。可是仅仅过了一年，袁崇焕也被处死，其中一条罪名就是擅杀毛文龙。
毛文龙虽然不作为，但是如果他不死，清军至少不敢入关。所以这种人对崇祯皇帝来说，怎么能说杀就杀了呢？
