胡宗宪想全身而退，他的政敌们却不想就此罢手。嘉靖四十四年（1565年）三月，曾经协助胡宗宪抗倭的罗龙文犯罪被抄家，御史在抄家中发现了胡宗宪被弹劾时写给罗龙文贿求严世蕃作为内应的信件，信中还附有自拟圣旨一道。
这道假圣旨让嘉靖帝大怒，他下令对胡宗宪降旨问罪。胡宗宪被押解进京打入了诏狱。在狱中，胡宗宪写下了洋洋洒洒的《辩诬疏》，为自己进行辩解。可是递交上去之后，如同石沉大海，迟迟没有结果。
胡宗宪彻底失望了，他写下了"宝剑埋冤狱，忠魂绕白云"的诗句后，自杀身亡，时年五十四岁。
胡宗宪的死，虽然是政治斗争的结果，但也是他自己亲手埋下的祸根。在《明史纪事本末》中，谷应泰评论其"才望颇隆，气节小贬"。困扰大明王朝多年的倭患在胡宗宪手上得到控制，这对胡宗宪的才干来说是最大的肯定，但他的为人的确不够光明磊落，而且还有几点致命伤。
首先，胡宗宪与赵文华及严氏父子有着千丝万缕的联系。虽然嘉靖亲口说胡宗宪不是严党，但是言官们弹劾胡宗宪是严嵩、赵文华的死党绝不是空穴来风。
