就这样，朱元璋留下了沐家军，包围朱允炆之后就呜呼哀哉了。建文帝朱允炆即位，各方诸侯蠢蠢欲动，朱允炆倍感压力，便与齐泰、黄子澄密议削藩。建文元年六月，齐泰将燕王朱棣使臣邓庸下狱审讯，搜罗出了一大堆燕王朱棣预谋造反的证据，惊煞了建文帝朱允炆。随即朱允炆开始借故刁难朱棣，企图削弱其力量。
可燕王朱棣也不是吃素的，敏锐意识到事情有变，逼不得已以尊祖训、诛"奸臣"齐泰、黄子澄，为国"靖难"为名，誓师出征，这就是史称"靖难之役"。朱棣被逼反，又加上拥兵自重的诸侯王故去了大半，无人遏制朱棣势头。建文帝朱允炆只能硬着头皮和他叔叔干了起来。
靖难之役初期，朱允炆就已经占尽了下风，由于北方将领多半是朱棣旧部，朱棣基本不费一兵一卒就收拢了大部队。然而朱允炆是皇帝，手握大权，遂调兵遣将，亲任太祖朱元璋旧将耿炳文为大将军，率师三十万伐朱棣，把朱棣困在了山东河北之地，使得朱棣进退两难。
