然而吴三桂胸无大志，在战争初期，显露出了他战略眼光和胆识气魄的不足，他最大的愿望是划江而治，在兵力鼎盛时期隔江求和，给了清廷喘息之机，从容调取全国之力与之对抗。
清王朝毕竟是全国性政权，可以调动的兵力、财力、人力、物力远非吴三桂所涉可比，所以，如果不能在战争初期快速取得决定性的胜利，失败，就是注定了。
打仗不是打一时之勇，打的是智谋和钱粮兵源，时间一久，靠云南一个穷省的力量对抗全国，吴三桂逐渐感觉捉襟见肘，再加上各地的党羽纷纷离心离德，各有图谋……于是很快，陕西王辅臣，福建耿精忠，广东的尚之信在清军进攻下，先后投降。
随着战争的消耗以及时间的推移，眼看败局已定，67岁的吴三桂在衡州称帝，国号为周，临死过了一把皇帝瘾。之后，吴三桂病死，传位给孙子吴世璠。1681年，清军云集昆明城下，吴世璠自杀，三藩之乱平定。
清军入昆明城后，到处寻找吴三桂尸体，准备开棺戮尸示众。结果找到多处均系伪墓。后来得一消息：吴三桂已被火葬，骨灰匣藏在安福园石桥水底下。清兵果然在桥下找到骨匣，马上送往北京。康熙帝不辨真伪，即命将"逆贼吴三桂骸骨分发各省"(《清圣祖实录》)示众。
对于已经死了三年之久的吴三桂，康熙竟如此泄愤，由此可见康熙对吴三桂是多么的地恨之入骨。康熙曾心有余悸的说道："幸荷上天眷佑，祖宗福庇，逆贼遂尔荡平。倘复再延数年，将若之何？"吴三桂的来势汹汹，一度也让这位雄才大略的帝王，一时六神无主。
