因为对大臣们来说，这毕竟是在代行天子职权，万一没搞好，杀了皇帝不想杀的人，那可就麻烦了。
比如袁崇焕，动用尚方宝剑杀掉了正一品，且也持有尚方宝剑的毛文龙，崇祯听到后十分骇然，可见他根本不想杀毛文龙。虽说毛文龙"十二当斩首"，可也不能由袁崇焕擅自做主就给诛杀了，结果使得疑心重重的崇祯皇帝心生疑窦，为自己惹来了杀身大祸。
袁崇焕在上疏时说："毛文龙是大将，不是臣可以擅自诛杀的，臣谨坐在草席上请罪。"明知不可为，又何必为之？由此可见，尚方宝剑的使用是有约束的。
再来看免死金牌，这不是有功就能得到的。持有免死金牌的不是皇亲国戚就是开国功勋，亦或是天子近臣等，试问又有几个手持尚方宝剑的大臣，敢像袁崇焕那样擅自做主诛杀这些人？一旦杀错，自己的小命可就没了。
再说了，如果大臣真用尚方宝剑诛杀持有免死金牌的人，肯定会有人弹劾，说皇帝既然给人一面盾，为何又要用矛去攻之呢？如此一来，皇帝的脸面必然受损。在这种情况下，皇帝肯定会丢车保帅，将罪过推到动用尚方宝剑的大臣身上，杀之以平息舆论。
所以说，持有尚方宝剑的大臣，只要稍微聪明一点的话，都会躲着免死金牌的。
这么说的话，那持有免死金牌的人岂不是可以高枕无忧了？为所欲为了？一般来说是的，但凡事有个度，事情真要闹大，捅到皇帝那可就不好说了。要知道古代的皇帝就是天，连法律、祖制都可以改，更何况一个小小的免死金牌。
朱元璋建立大明时曾大封功臣，公爵六人，侯爵二十八人，并赐丹书铁卷。结果后来，他担心自己死后幼主制服不了位高权重的功臣们，于是找各种借口，将他们都杀了个差不多。获赐免死金牌的李善长、蓝玉等人被送上了断头台，显赫的冯胜也被赐毒酒毒死。
还有李鸿章，在签订《马关条约》之前也向朝廷讨要了所谓的尚方宝剑，并得到了赔偿、割地的授权。可条约签订后，他的直隶总督和北洋大臣两项实权被剥夺，还被拔掉了三眼花翎，收回了黄马掛，成了朝廷的替罪羊，所谓的尚方宝剑也没起啥护身作用。
所以说，这两件宝贝不过是皇帝为了笼络人心，维护皇权的工具罢了。它们再厉害，最终也还是要受制于天子，一切都还是皇帝说了算。
