孙传庭要做的就是将卫所的屯田都收归军队，这样一来，军队就有了粮饷，有了粮饷就能打胜仗。到达陕西后，孙传庭在榆林依靠清屯充饷，一下子收上来45万两白银，利用这些钱粮，他征召建立了一支军队，号曰"秦军"。
孙传庭治军有方，加上粮饷充足，这支秦军拥有超强的战斗力，从崇祯九年开始，孙传庭带领秦军在陕西生擒高迎祥，大败李自成，几乎全歼农民军，李自成只带着18人逃进了山中。仅仅不到三年，孙传庭就几乎肃清了陕西境内的起义军，仰仗的就是清屯充饷政策。
不过清理屯田，势必触动了一些士族豪强的利益，他们不断运作，向崇祯参劾孙传庭，结果崇祯听信谗言，在崇祯十二年将孙传庭贬为平民，并关进狱中三年多。正是在这三年多的时间里，李自成带领农民军东山再起，一下子在河南佣兵数十万。
见李自成壮大，崇祯才再次启用孙传庭。当时李自成势大，孙传庭只能依靠潼关，据守关中，可崇祯却认为他怯战不出，屡次下旨催促其出兵中原。对此兵部侍郎张凤翔劝说："孙传庭所有皆天下精兵良将，皇上只有此一付家当，不可轻动。"
奈何崇祯不听，催逼孙传庭出关，结果在河南陷入李自成大军的围困，力战不敌，只能退回关中，结果李自成大军趁势进攻，一举攻占潼关，进而直取关中，十月初三，孙传庭战死。
史载："传庭死，而明亡矣！"孙传庭死后，明朝再无人可用，李自成攻占西安后，建立大顺政权，公开与明朝分庭抗礼。至此，明朝灭亡已无可挽回！
