通过扎萨克制度，清政府基本上稳定了内外蒙古的局势。加强了对内外蒙古的控制和管理，使得蒙古全境纳入清政府的统一管辖之下。而且这种制度在当时而言是很适合当时的实际情况的，这种制度既能够维护国家的统一，同时也在一定程度上保全了蒙古封建主的利益，因此收到了很好的效果。
2、军府制度。
清政府在蒙古地区除了实行札萨克制度之外也实行了军府制度。如果说扎萨克制度是清政府对蒙古贵族实行的一种怀柔政策的话，那么军府制度就是对蒙古势力实行的一种军事震慑。两者相互配合才使得清政府对蒙古的控制其稳固又有利。
内蒙古地区――察哈尔热河都统、绥远将军。察哈尔、热河都统，是清政府驻扎在内蒙古地区的主要军事长官。以前内蒙古的主要军事事务都是由他们负责的，如果有蒙古贵族的叛乱发生，也是有察哈尔、热河都统出面平定。绥远将军则是清政府在内蒙古地区设立的最高军事长官，绥远将军的影响力很大，内蒙古地区一些重大的军事事务由绥远将军最后决定。
外蒙古地区――乌里雅苏台将军、科布多参赞大臣、库伦办事大臣。清政府对外蒙古的控制不像内蒙古那么强，而且在清朝建立之初外蒙古一直游离在清政府的管辖之外，一直到康熙年间才正式将外蒙古纳入自己的版图。所以为了加强对外蒙古地区的控制，清政府在那里设立了乌里雅苏台将军，享有一定的驻兵权利。对外蒙古来说也是一个很大的军事震慑。
