同治六年（1867年）十二月，浙江巡抚马新贻升任闽浙总督，马新贻于是按照惯例进京陛见请训，在入京觐见之后，马新贻乞赏假二十日回乡祭祖，匆匆离京返乡。
同治七年（1868年）七月，曾国藩被调任直隶总督，两江总督由马新贻调补，同年九月，马新贻抵达江宁，正式成为两江总督。
同治九年（1870年）七月二十六日，马新贻在校场阅兵完毕，在返回督署的路上，被刺客张汶祥所杀，而凶手张汶祥，杀人后并不逃走，当场被捕。
马新贻
"刺马案"发生之后，朝廷十分慌乱，慈禧太后亲自出面，将正在处理天津教案的曾国藩调来审理这个案子，并对其面授机宜"马新贻办事很好"，目的显而易见，就是为整个案子定下基本基调：马新贻是好官，张汶祥是恶逆。不久之后，朝廷又接连派出刑部尚书郑敦谨等人，参与此案审理。一番审理之后，张汶祥被以"漏网发逆、复通海盗"的罪名处决，并剜其心，祭奠马新贻。
