1368年，朱元璋即皇帝位于应天府，国号大明，年号洪武，史称明太祖。在得知宋理宗的头颅被制成酒器后，他即可便派人到元大都找到了这个特殊的酒杯。洪武二年（1369年），朱元璋以帝王之礼，将理宗的头颅重新安葬在了南京南门高座寺的西北处，同时下令修复永穆陵。
《殊域周咨录》："明太祖朱元璋大为感慨，对危素说：南宋诸皇帝没有太过失德，又和元朝没有世仇，元朝趁其虚弱取而代之，对帝陵为何又如此残酷破坏？"
一年后，朱元璋又下令，将宋理宗的头骨归葬到绍兴永穆陵旧址。且在每一座的陵前，朱元璋都让人重新树上碑，并加派了守陵人员，严防永穆陵再次遭到破坏。
【参考史料：《宋史》、《元史》、《明太祖实录》】
