两年后，袁世凯不顾世人反对正式称帝，而他称帝后的第一道命令就是册封黎元洪为"武义亲王"。面对袁世凯的拉拢，黎元洪还算清醒，他守住了最后的道德底线，对袁世凯的册封坚辞不受，与逆潮流而动的袁世凯划清了界限。
根据《临时约法》规定，时任民国副总统的黎元洪出任民国大总统，但这个总统只是名义上的，实际上的权力则掌握在总理段祺瑞为首的北洋军阀手中。黎元洪空有大总统之名却处处受制自然不能甘心，于是在以黎元洪为代表的总统府和以段祺瑞为代表的国务院之间产生了一系列政治争斗，史称"府院之争"。
可毕竟段祺瑞是实权派，在张勋"辫子军"的策应下，黎元洪不得不黯然退出总统之位，成为了政治斗争的牺牲品。尽管之后重登总统之位，但终究是形式大于内容，已是徒有其表了。这期间黎元洪退居天津兴办实业，反而办得有声有色，成为一名成功的实业家。
1928年6月3日，黎元洪因脑溢血在天津去世，享年65岁。
