而魏忠贤倒台后，东林党人得势，开始对所有异己分子采取全面铲除方针。阉党就不必说了，当然是斩尽杀绝。有一些本来不是阉党，但得罪过东林党的人，也会被打成阉党，从而落得个抄家灭族的下场。后来事实证明，东林党人确实比魏忠贤要坏、要狠，自己内部也不团结、互相倾轧，可是他们却不具备魏忠贤的治国才能。
杀魏忠贤简单，但阉党被彻底铲除的后果是非常严重的，有如马车失去了一个轮子。从此，崇祯只能独自面对由东林党人组成的文臣集团。但他又缺少作为一个优秀君主最重要的一些素质，比如主见、知人善任、权谋等。
崇祯不会用人导致十分容易轻信他人，同时，又耳根子软、敏感多疑。他在位短短十七年间，内阁首辅（宰相）就先后换了十九任，内阁大学士换了五十余个。他自己没有主见，不断地被这些相互攻讦的文臣牵着鼻子走。而当崇祯发现政策有了失误，或者结果很糟糕时，他的解决办法只有一个，就是泄愤杀人。
崇祯一共杀掉了七个总督、兵部尚书，十一个巡抚。他残杀袁崇焕却继续重用袁死命保举的祖大寿，结果祖大寿最后降清。"擅自与清军议和"是崇祯给袁崇焕所定的主要罪名之一，而之前他曾授予袁崇焕"便宜行事之权"。
兵部尚书陈新甲明明是奉崇祯密旨与皇太极议和，结果消息泄露，引起朝中议论纷纷，崇祯为了掩人耳目、推卸责任，就否认议和、杀了陈新甲以平息舆论。
