朱棣虽然把都城迁到北京，但南京继续作为都城用，但与北京地位就不同了。不过朱棣的后代却打算要把都城再次迁回南京，比如明仁宗时就修葺了南京，准备迁都回来，但没有实现。明宣宗把南京作为京师要地，实际上他还以北京为主。到了明英宗时，才正式确立明朝的"两京制"，两个首都并用，两套大臣班底，这也是明朝特色，与辽金不同。
明朝时，大臣有在南京任职的，也有在北京任职的。但北京经过明朝几代皇帝的经营，其都城地位已经很难取代。但南京作为辐射东南，地理位置很重要，明朝也不会放弃。因为早在南宋时期，南京已经成为我国古代经济的中心。那时北京还远未达到南京地位，如果明朝放弃南京，那么就会面临海上及南部地区威胁，不可能及时处置。所以保留南京，巩固北京，有利于明朝的统治。
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