针对公文传递过程中"上之督之者虽谆谆，而下之听之者恒藐藐"的弊端，张居正上书皇帝提出改革，以六科控制六部，再以内阁控制六科。
朝廷的六部、都察院，其奏疏凡得到皇帝批准的事项，转行到各衙门，根据事情的轻重缓急、地方的路途远近，限定办理期限，每月月底清点。事情办得怎样，就靠这条线层层监督，一只眼逐级盯下去，评定官员的一个指标就是办事的效率和质量。
张居正在施行考成法时，还将追收赋税作为考成的标准。一时间，全国各地官员不少因考核成绩不合格，或无法缴纳赋税而遭到降职处分。官员们再不敢贪污受贿，唯恐丢了乌纱帽。然而，对官吏的管理限制势必损害官僚豪强的利益。当改革与制度碰撞时，失败的往往是前者。
不管张居正的改革多么成功，他倡导的始终是地主阶级内部的改良运动。改革虽然清除积弊，澄清吏治，抑制豪强，减轻农民痛苦，却树立了大地主阶级这个强敌。而财政收入的提高，致使官僚豪强大地主对百姓的盘剥加重。
