东间一座石制寝床，铺着绒毡，放着绣被、龙枕，服饰和用物放在大红箱内。第二层石门后有大殿九间，里面也有石床，高一尺五寸，宽一丈，田妃的棺木就放在这里。
初四日申时，崇祯和周皇后的棺木送到，暂时停放在祭棚内，棺木前陈设着猪羊金银纸笺等祭品，在场的人举哀祭奠。之后，将田贵妃的棺椁打开，将其棺木移于石床右侧，然后将周皇后棺木放于石床左侧，最后将崇祯帝的棺木放入田贵妃的椁中，停放在石床的正中。棺椁安放好后，人们在棺椁前设香案祭器，点起万年灯，遂将两座石门关闭，再将隧道口填埋。
两天后，当地百姓又在墓室上面封土，修筑了一个几米高的坟冢，赵一桂和孙毓祉二人还各捐银五两，雇人在坟茔周围砌起了五尺高的砖墙。
清朝入关后，为了平息汉族上层人物对满人的反感，笼络汉族人对清廷效劳，决定重新为崇祯帝举行丧礼，并营建陵墓的地面建筑，设立陵户，给予地亩，按时举行祭祀活动。这年的五月四日，清廷宣布，全国为崇祯帝服丧三日。
二十二日，决定以帝礼改葬崇祯及周皇后，并赐陵租1500两着手建陵，将陵墓命名为"思陵"。十一月二十九日，在顺治帝的亲自过问下，陵园开工建设。十二月，营建所需的石碑、石座运至北安门外西步梁桥，随即改葬完毕。
