守门的明军不明情况，以为是皇宫里发生了变乱，遂开炮袭击，崇祯帝竟然无法出城，只能返回皇宫。他自知穷途末路了，下令皇后周氏及袁贵妃自缢，并砍死数名嫔妃。他命人把太子及两个王子化妆送走，又来到寿宁宫和昭仁殿，砍断了长平公主左臂，杀死了昭仁公主。
天将亮时，他鸣钟召集大臣，想孤注一掷，作最后的挣扎。宫中一片混乱，人人都在想怎样逃命，大臣们一个也没有到。走投无路之下，崇祯登上万岁山，在寿皇亭旁的树下自缢而死。死前在自己的衣服上用红笔写道："朕自登极十七年，逆贼直逼京师，虽朕薄德匪躬，上干天怒，然皆诸臣之误朕也，朕无面目见祖宗于地下，去朕冠冕，以发覆面，任贼分裂朕尸，勿伤百姓一人。"当时只有太监王承恩跟随他一起上山，并在崇祯帝前跪缢而死。
两天后，李自成的部队找到了崇祯的尸体，用门板将崇祯和周皇后的尸体停在东华门外。李自成命人将两人尸体装入柳木棺内，搭盖了临时灵棚。几天后又重新改殡，将崇祯装入红漆棺内，将周后装入黝漆棺内。
崇祯帝头戴翼善冠，身着衮玉渗金袍，周后也穿戴上了相应的服饰。崇祯帝生前曾有在遵化马兰峪修陵的动议，但由于当时国事纷繁，没有具体实施，李自成考虑后决定，命人将崇祯和周皇后葬入崇祯的田贵妃墓中。
田贵妃是朱由检的宠妃，天生丽质，多才多艺，琴棋书画，无所不能。她倚仗皇帝的宠爱，在后宫显得十分骄纵，与周皇后关系比较紧张。后因事被朱由检斥居别宫，受到冷落，心情不佳。不久，田贵妃生的皇五子朱慈焕病死，田贵妃抑郁成疾，于崇祯十五年（1642）七月病故。
