咸丰三年（1853年）5月，太平天国北伐军连战连捷进入直隶（今河北省），直逼京师。多隆阿跟随科尔沁郡王僧格林沁带兵在直隶、山东一带和北伐太平军展开激战。虽然此时的多隆阿还只是一个默默无闻的小军官，但他作战勇猛，身先士卒，在战场上表现很突出。后来北伐太平军被全部歼灭，多隆阿因功升任协领（从三品）。
咸丰五年（1855年），多隆阿率部南援，协同湘军共同对抗太平军。此后数年，多隆阿转战湖北、江西、安徽等地，屡建功勋。先后被晋升为行营翼长（正三品）、副都统（正二品）、都统（从一品）。
同治元年（1862年），陕西发生民变。由于当时清军主力都调往江淮镇压太平天国，因此导致关中空虚。朝廷任命多隆阿为钦差大臣督办陕西军务，让其率部进入陕西镇压叛乱的回军。当时多隆阿手头的军队只有二万，而回军有数十万之众。多隆阿审察全局，认为回军此前连战连捷，势头正旺，加上人多势众，因此不宜马上正面交战。他下令让军队由东向西稳步逼进，不求速战速决，只求每战必胜。同时，他还要求尽量笼络回军首领，以达到分化瓦解对方的目的。
同治二年（1863年）1月，回军围困了同州（今大荔县），情况十分危急。一旦同州失守，城内满汉两族百姓势必遭到灭顶之灾。关键时刻，多隆阿率部突袭了回军，当场消灭数千人。同时，多隆阿的部队向洛水以南的两个重要据点发起攻击，大破回军。
