在这段长达四百余年的"小冰期"中，除了因天气严寒而导致的百姓死伤之外，更为恐怖的是由于气候变化而带来的次生灾害，这些次生灾害不仅导致了大量百姓死亡，更是直接摧毁了本就大厦将倾的大明朝，其中最为严重的便是旱灾和鼠疫。
1、旱灾。"小冰期"引起大旱灾时常发生，其中更是在崇祯年间出现了罕见的十年大旱，不仅湖泊干涸，就连黄河干流和支流都出现了断流现象，华北地区的降水量更是下降了11%至47%，更有多达23个地区出现了连续四年以上的重旱。旱灾早期仅仅出现在黄河流域个别地区，之后便迅速扩展到全国各地。
河南"大旱遍及全省，禾草皆枯，洛水深不盈尺，草木兽皮虫蝇皆食尽，人多饥死，饿殍载道，地大荒"，陕西"绝粜米市，木皮石面食尽，父子夫妇相剖啖，十亡八九"。持续的旱灾又伴随着铺天盖地的蝗灾，结果不仅导致粮价暴涨，百姓民不聊生，以至于出现易子而食的惨剧，而没有活路的百姓们更是被迫走上了造反之路，仅崇祯元年（1628年）至崇祯八年（1635年），全国就爆发了十三次大规模起义，人数多达三十余万。
