当时从沿海地区前往新疆根本没有捷径，只能通过陆路一步步向西走去。李鸿章在反对收复新疆的言论当中就有提出，目前大清并没有修过前往新疆的铁路，以这种交通状况前往新疆进行军事行动，是无法保证后勤安全的。而更严重的是当时在宁夏陕西，从1862年就发生了规模很大的叛乱。
如果不能妥善解决宁夏地区的叛乱问题，收复新疆实在是无从谈起。而且位于陕甘边境镇压捻军的清军部队，也会被拖在这个区域无法动弹。面对这些可以通过军事行动可以解决的问题，左宗棠大兴刀兵，以严酷的手段镇压叛乱，终于在1873年将这场叛乱镇压下来，解决了率兵进入新疆的后顾之忧。
筹措出兵的资金和粮草
兵马未动，粮草先行，任何军事行动都需要提前布置和准备军需粮草。左宗棠自然考虑到了这一点，面对前往新疆这一超长行程的军事行动，需要准备的粮草和资源就需要更多。李鸿章也直言没有火车运输，进军新疆后勤就是一个严重的问题。
