清同治三年（1864），清军历经多年准备终于攻入南京，几乎扑灭了太平天国运动，但整个大清朝仍然内忧外患不断。平灭太平天国运动的胜利，却无法让大清朝的诸多军事大佬们放心地马放南山。
直到1865年，横行河南、安徽、江苏等地多年的捻军，终于被清朝动用多地兵力，集结湘军和淮军精锐，通过稳定战线扎实推进等手段，将其主力部队分割包围。西边的捻军为左宗棠所平定，东边的捻军被李鸿章所灭。大清国内，内忧问题解决了大半，是时候解决当前所面对的外患。
由于清朝末期政局动乱，清朝对于边疆的控制力越来越弱。在新疆因为复杂的矛盾终于造成了内乱，而国外的军阀阿古柏在沙俄的暗中默许和支持下，于1865年提兵入境侵入新疆。在最严重的时候，新疆的不少地区都被侵略者占领，并实施宗教化管理。此时的形势已经异常危急，大清内部的有识之士已经看到了问题的根源所在。
