蜀王对曹学佺怀恨在心，便找了个机会诬陷他，害得他被罢了官。天启二年（1622年），曹学佺被重新启用，前往桂林上任。通过上文的案件给了当地宗室一个下马威，得知他曾连蜀王的面子都不给，桂林的宗室也就非常忌惮他了。曹学佺在任期间，桂林宗室"肃然奉法"，纷纷视此人为阎罗。可惜的是，曹学佺这么一位刚正不阿的好官，并没有遇上好时候，此时的明王朝内有农民起义，外有女真为祸。崇祯十七年（1644年），得知崇祯帝自缢的消息，曹学佺闻讯投池殉国却为家人所救。
两年后清军攻破福建，郑芝龙降清、隆武帝也在被俘后遇害。曹学佺心知大明已大势已去，于是香汤沐浴、整顿好衣冠后，在家中自缢殉国！
