然而，李世民的对二人的态度却明显有差别，偏爱尉迟恭却冷落秦叔宝。两件事可以证实。一是玄武门之变中，尉迟恭被李世民视为心腹干将，兵变前参与密谋决策，兵变中赤膊上阵奋勇冲杀，事后赏绢一万匹，赐食邑一千三百户。
而秦叔宝在此次事件中则明显属于外围人物，从史书记载来看，他在玄武门之变中存在感极低，无论是事前密谋还是兵变过程，史书记载几乎未提到秦叔宝，事后获得封赏仅仅是食邑七百户。此事可以证实，李世民对秦叔宝的信任度很有限，在涉及生死存亡的紧要关头，秦叔宝被他排除在外。
二是凌烟阁功臣排序问题。秦叔宝跟随李世民的时间要早于尉迟恭，战功丝毫不比尉迟恭小，但尉迟恭排名第七，秦叔宝却奉陪末座，排行倒数第一。很多武将无论资历、战功、能力都远不如秦叔宝，却都堂而皇之排在他前面，可见李世民对秦叔宝的冷落与不信任程度何其深也。
李世民为什么要这么做？细看史书即可找到答案。唐高祖李渊说过的一句话，揭开了真相。在620年平定刘武周之战中，秦叔宝立了大功，李渊兴奋不已，《旧唐书》记载，李渊赐给秦叔宝一个金瓶，并对他说："卿不顾妻子，远来投我，又立功效，朕肉可为卿用者，当割以赐卿，况子女玉帛乎？卿当勉之"，恨不得把自己的肉割下来赏给秦叔宝吃。秦叔宝为此感激涕零，誓死效忠李渊。
