但是，李贤和他母亲武则天的关系却不太好，主要是因为她害怕章怀太子能力太强妨碍她继续把持朝政。加之有人在他们母子之间挑拨离间。其中之一便是道士明崇俨，此人深得高宗和武后信赖，经常出入禁宫。他摸清了武后的心思，几次在武后面前诋毁李贤，他说"太子不堪承继，英王（李显）貌类太宗"，又说"相王（武后幼子）相最贵"。
这些话传到李贤耳朵里，使得李贤对明崇俨十分仇视，也加剧了他的危机感。
仪凤四年（679年）明崇俨被人杀死。武后认定是章怀太子所为，却又找不到证据。从此以后，武后和太子的矛盾日益激化。后来，武后指使人诬陷太子企图谋反，派人前往东宫搜查，结果搜出了百具铠甲。李贤就此被定罪。
高宗一向喜爱李贤，想要宽恕他，但武后却说："为人子心怀谋逆，应该大义灭亲，不能赦免罪行。"
