明太祖六十多岁的时候，太子朱标薨，朱标的儿子朱允炆被立为皇太孙。朱棣不甘皇位落入资质、年龄都不如自己的侄子手中。1398年，明太祖驾崩，朱允炆合理继承皇位，史称建文帝。朱棣是个聪明人，知道建文帝是合法继承人，公开夺权，对自己不利。就对外宣称:帮助建文帝铲除奸臣黄子澄（朱允炆的老师）、齐泰，起兵反叛。历史上把这场内战称作靖难之变。
1402年，燕军攻下应天城（今南京），建文帝和皇后都跳到大火里自焚，结束了屈辱的后半生。随后，朱棣即位。之后，朱棣为了巩固自己的皇位有进行了大量的充满血腥的屠杀活动。他将建文帝亲信50余人列为奸臣，悬赏捉拿，并且株连九族。
二、削除藩王、铲除异己
朱棣即位后，继续实行巩固专制主义的中央集权政策，对靖难功臣进行了封赏。凡建文年间贬斥的官员，一律恢复职务。并且恢复诸王的爵位俸禄。一时间，朱棣巩固了自己的地位。
