然而，明朝虽然打赢了这场战役，自身却也付出了极其惨重的代价，说是"惨胜"也毫不为过。因为抗倭援朝发生之时，明朝正在走下坡路，自身也危机重重。
据《明史》记载，万历朝的三大征耗费明朝粮饷无数，其中：宁夏用兵耗银180万，播州之役耗银200余万，而朝鲜之役耗银高达780万。可以说，为了保护这个藩属国，明朝拼尽了最后一点国力，"明实亡于万历"的说法即由此而来。
更严重的后果是，从1592年到1598年两次入朝作战，10万明军辽东精锐锐减60%，山东、辽东粮草不计代价的运往前线，也导致辽鲁两地民生凋敝。正是趁着这一军事真空期，努尔哈赤先后统一女真各部，建立了后金（清朝），崛起为明朝最主要的威胁之一。
假如明朝当时没有耗费大量人力物力去抗倭援朝，那么历史又会如何演变呢？毕竟，拥有数百万国库存银和十万辽东驻军的明朝，可以很从容的应对努尔哈赤。
