但是，到了17世纪，日本如果继续从事海盗活动，不光要受到中国政府的打击，还要受到武力更加强大的欧洲人的打击，于是不得不用闭关锁国的政策保护自己，从而中止了几百年来危害西太平洋地区的海盗行为。
16世纪中期，戚继光等人剿灭了以中国人为首的倭寇之后，倭寇的危害大大减少，但并没有立即全部消失。
其中原因，一方面是因为戚继光等人剿灭的只是盘踞在中国沿海岛屿的倭寇，并没有深入到日本本土，因此，还有很多日本人或以日本为基地的倭寇继续做着海盗的营生。
另一方面是因为葡萄牙人、西班牙人已经在东亚海面出现，而中国也开放了海禁，日本已经有可能通过与这些欧洲人的交易获得必需的物资，从而减少了对于中国的海盗行为。
所以，说白了，倭寇的海盗行为是日本政府或地方割据势力公开支持的。在倭寇危害中国沿海的300年历史中，绝大部分时间里，倭寇的主要成份都是日本人。
