在谈判桌上李鸿章一直很被动。日本首相伊藤博文在谈判中向中方提出条件：日军要占领大沽、天津、山海关一线驻军。天津到山海关的铁路也要交给日本。还要赔三亿两白银以及割让台湾。眼看做出答复的时间到了，李鸿章只能根据自己的理解，于4月5日提出了一个修正案，全面回应了日方要求。
第三次谈判时，李鸿章遭到日本人小山丰太郎枪击，造成李鸿章左眼下受伤。这一举动令日本颜面扫地，两国交战不斩来使，日本却在明目张胆的搞小动作，本来占主动地位的日本谈判优势锐减。日本怕暗杀事件会在国际上产生不好的影响，于是宁愿减少赔偿，由原来的三亿两白银减为两亿两。
