话说，朱棣打进应天府后，皇宫已是一片火海，建文帝下落不明。对于建文帝的下落，历来说法不一，但主要有"焚死说"和"逃亡说"。
焚死说认为，建文帝在叔叔朱棣攻入应天府时感觉自保无望且颜面无存，自焚而死。但是太监在火后余烬中多次查找，只找到建文帝马皇后的太子朱文奎的遗骸，建文帝是死是活无可得知。朱棣后来虽宣布建文帝已自焚而死，并作祭文。但无人得知建文帝的坟墓在哪。明末崇祯皇帝也说："想给建文帝上坟，却不知道坟墓在哪？"
另一种说法是逃亡说，此说法认为朱允炆在南京攻破时，在亲信的劝说下削发为僧，从地道逃走。这个环节也有一种说法，是说朱元璋留下了锦盒助朱允炆逃生。但更让人迷惑的是如果建文帝逃生之后的情况。一说是逃出皇宫后，隐姓埋名浪迹天涯。明成祖死后才回到京城，住进西内，死后葬于京郊西山。另一说朱允炆逃到云贵地区，后又辗转到南洋。所以朱棣七派郑和下西洋，实为寻找朱允炆。还有一说是朱允炆藏身于江苏普济寺内，423年病亡后埋于庵后小山坡上。
无论是"焚死说"还是"逃亡说"都没有确切的证据，至今仍是一大未解之谜。如果朱允炆失踪之谜不是朱棣本身的谜团，那么朱棣的生母之谜则与朱棣有着密切相关了。
